乔巴得知路飞失去艾斯的消息后，急着想前往当初和大家约定好的地方，于是只好不舍地和特里诺王国的居民们道别。罗宾在特奇拉沃尔夫意外被革命军所救，也因此得知原来革命军的领袖正是路飞的父亲，她拒绝了革命军邀她去见龙的要求，坚持要前往和路飞等人相约之地。
索隆从鹰眼米霍克口中得知路飞的消息之后，便不顾自己伤痕累累的身体，急于想要离开克拉伊咖那岛，米霍克告诉他可以搭乘在小岛的西边的一艘小船离开小岛，然而索隆却在半路上遇到了凶暴的狒狒，那群狒狒竟然还会使用索隆的招式……。
娜美得知路飞在与海军的战争中亲眼看到哥哥艾斯死去而大受打击，于是决定要想办法离开维萨利亚，就在她偷走所有有用的东西，准备离开那里的时候，却因为不会操作热气球而从天而降，最后还是被维萨利亚的学者们给抓了起来……。
为了履行当初和伙伴们再次会合的约定，路飞决定靠着生命纸前往香波地群岛，没想到就在他准备出发的时候，冥王雷利却出现在女儿岛上。原来雷利之所以知道路飞可能会在女儿岛，是因为巴索罗米·熊亲口告诉他路飞被送往的方向，而路飞的其他同伴也都还未会合，因此雷利对路飞提出了一个提议
甚平的一席话让路飞想起自己还有一群伙伴。而被巴索罗米·熊打得分散各地的草帽海贼团也都分别接到了艾斯死去的消息。身处克拉伊咖那岛的索隆因为身受重伤而不敌狒狒的攻击，就在紧要关头，鹰眼米霍克出现在他面前，并为他带来了路飞的消息。在特里诺王国的乔巴，差点就被当地的村民当成狸猫煮来吃，所幸后来解开误会，还让当地村民与鸟类成了好朋友。
海军与海贼的顶上战争结束之后，卡普回到了风车村，就在村民们热烈欢迎他的时候，下山来到风车村的达旦突然出现在卡普面前，她对于卡普对艾斯见死不救这件事十分不谅解，于是上前痛打卡普，并且质问他当时为什么不救艾斯，经过玛琪诺的劝阻，达旦才终于停手，但是她却表示自己愿意全力支持路飞成为海贼。
得知萨博的死讯，让艾斯和路飞大受打击，艾斯差点就要冲出去为萨博报仇，所幸在达旦的拦阻下，艾斯恢复了冷静，之后他们接到了萨博出海前寄出的信，萨博在信上将弟弟路飞托付给艾斯，于是艾斯便要路飞振作起来，并且为了实现萨博的梦想，想和路飞决定要在17岁出海。
艾斯与达旦最后终于打败了布鲁杰姆，回到了山贼的家，虽然达旦身受重伤，但仍然幸运地保住了性命。就在大家为艾斯和达旦的归来开心的时候，多古拉回来告知大家一个悲伤的消息，那就是萨博死了。原来萨博不想再待在处处受到束缚的贵族之家，于是决定在天龙人要来的这天提早出航，没想到却在海上受到天龙人的攻击。
遭到国王的欺骗而心有不甘的布鲁杰姆等人找到了正在逃命的艾斯和路飞，威胁他们带路去找藏宝藏的地方，并且说萨博也和那些草菅人命的贵族一样。被激怒的艾斯和路飞出言反驳，却被布鲁杰姆的手下压制住，其中一人甚至打算杀了路飞，千钧一发之际，艾斯不知从何而来的力量竟然撂倒了海贼。
萨博无意间得知废物终点站即将发生火灾，急忙想要赶去通知路飞和艾斯，但是却被抓回家而遭到软禁。布鲁杰姆将废物终点站将被烧毁的事告诉艾斯和路飞，原来这一切都是布鲁杰姆和国王串通好的阴谋，然而，就在布鲁杰姆海贼团准备要逃离废物终点站时，却被士兵给挡在了大门外。
路飞、艾斯和萨博和纳格力道别之后，又再次回到了三个人的生活，就在他们出去为前几天被暴风雨吹坏的基地找建材的时候，却遇到了布鲁杰姆海贼团，原来他们竟然是萨博的父亲派来寻找萨博的。萨博的父亲拿路飞和艾斯威胁萨博回家，为了他们两人的安危，萨博只好答应父亲的要求，然而事情却不如表面上这么简单
路飞、艾斯和萨博三人无意间遇到了纳格利，纳格利表示自己以前曾经和海贼王罗杰交过手，一直对海贼王有憧憬的路飞便立刻说要拜纳格利为师，离开了三人的秘密基地。萨博和艾斯因为担心路飞，于是在路飞的带领下，来到了纳格利暂居的地方。
路飞等人为了实现成为海贼的梦想，一起搬进了达旦的家，他们三人每天都在森林里与各种凶猛野兽作战。这天，他们的目标是一只熊猫，第一次成功捉到熊猫的路飞非常开心，但是他的好心情没多久就被一只巨大的老虎给破坏了，老虎抢走了路飞捉到的熊猫
自从萨博也跟着艾斯与路飞一起住进达旦一家后，每天都把那里闹得天翻地覆。这天，风车村的玛琪诺和村长前来探望路飞，玛琪诺还为大家做了丰盛的大餐，就在路飞等人吃得正开心、纷纷说出自己未来想成为海贼的报负时，卡普突然出现在他们面前，并且狠狠地教训了路飞等三人。为了不被卡普修理，他们三人决定要搬出达旦家，出去独立。
萨博为了躲避布鲁杰姆海贼团的追杀，跟路飞他们一起回到达旦一家，并且在那里住了下来，从此以后，萨博、艾斯、路飞三人便结伴到处捣蛋，他们的恶名传遍了废物终点站。这天，他们三人乔装成大人，打算将鳄鱼皮拿到城里去卖，而且还顺便吃了一顿霸王餐，就在他们被老板识破、躲避追捕的时候，萨博却在路上被一名男子给叫住了。
艾斯抢走了布鲁杰姆海贼团的钱，使得路飞被布鲁杰姆的手下伯尔杰米抓走，然而，无论伯尔杰米怎么严刑拷打，路飞都不肯说出那些钱藏在哪里，就在路飞被打得奄奄一息的时候，艾斯和萨博终于冲进来救了他，他们联手解决了伯尔杰米等人，但是由于担心布鲁杰姆海贼团前来寻仇，萨博原来居住的森林已经无法再待下去
路飞为了想和艾斯做朋友，无论艾斯到哪里，他永远都在后面追着。这天，路飞追着艾斯穿过了森林，来到了一个堆满破铜烂铁、烟雾弥漫的地方，原来这里是废物终点站，是一个许多恶徒在此肆无忌惮为非作歹的无法地带。路飞在一棵大树下发现了艾斯和他朋友的身影，那名少年名叫萨博，他和艾斯正一起存钱，打算将来出海当海贼
十年前，卡普为了训练路飞，好让他将来成为一个坚强的海兵，便将路飞从和平的风车村带进一座普通人都不敢进去的山，一心只想当海贼的路飞虽然不愿意，但仍然被卡普硬拉上山。山上有一间破烂的小屋，里面住着一群山贼和一名比路飞大三岁的少年，那名少年就是艾斯。沉默寡言的艾斯一开始对路飞并不友善
千里阳光号上的食物吃完了，路飞他们正好发现前方有一座小岛，于是决定上去找食物。结果却遇上了特瑞科和小松，爱吃的特瑞科和路飞一拍即合马上变成了好朋友，两方人马联手制服了好吃的烤全猪，还要去挑战这座岛上的传说中的食材“夯格里拉鸟”。
在顶上战争中身受重伤的路飞，虽然在罗的治疗下保住了性命，但是却仍然没有醒来的迹象，为了躲避海军的追捕，汉库克等人决定将路飞送往女儿岛亚马逊·百合进行疗养，但也因为这样，罗所率领的海贼团也必须跟着路飞一起在女儿岛待下来，由于纽婆婆坚持不让男人进入女儿岛，于是只好想出一个折衷的办法，勉强让他们将船停泊在女儿岛的湾岸。
海军和海贼的顶上战争因为红发香克斯的出现而正式宣告结束，一听到战争结束的消息，世界各地的人们都忍不住高声欢呼，然而，海军的胜利所带来的未必只有和平，随着白胡子威胁的消失，新世界也将失去平衡，由于白胡子死前的话，证实了ONE PIECE是确实存在的，各地的海贼也纷纷准备出海寻找他口中的大秘宝。
香克斯率领着红发海贼团突然出现在战场上，于是前来搭救路飞的特拉法尔加·罗便趁海军惊讶之时，让路飞和甚平上船准备逃离马林梵多，但是，青雉、黄猿和赤犬却依然不愿意轻易放过路飞，他们纷纷对心脏海贼团的潜水艇发动攻击，就在千钧一发之际，香克斯对大家说出他前来战场的用意，他要马尔科等人停止应战
白胡子和艾斯都已经死去，但海军依然不断对海贼展开追击，遭到赤犬攻击的甚平和路飞正好被巴基接住，在不知道该怎么办的情况下，巴基只好带着他们两人一起逃跑，就在这个时候，一艘潜水艇从海中浮了上来，那竟然是香波地群岛的超新星海贼特拉法尔加·罗所率领的海贼团
黑胡子夺走了白胡子的恶魔果实能力，成了同时拥有两种恶魔果实能力的人，他达到目的之后，便开始大闹马林梵多，甚至狂妄地说要让马林梵多沉入大海，于是战国便亲自出马和他进行对峙。另一方面，九死一生的赤犬依然对甚平和路飞紧追不舍，他用岩浆贯穿了甚平
白胡子被黑胡子海贼团打败，终于结束了七十二年的生命，他旗下的海贼们虽然伤心，但依然记得白胡子最后下达的船长命令，于是大家纷纷逃往停泊在岸边的船上，然而被白胡子打伤的赤犬却没死，他藉由岩浆从地底绕到甚平和路飞的面前，挡住了他们的去路。